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台東縣綠島鄉四面環海，四周共有六個漁業資源保育區，除了柴口、石朗全年不開放採捕，龜灣保育區禁止捕撈燕魚外，南寮、中寮、公館三個保育區都擇期開放。

其中，中寮漁業資源保育區五到八月開放捕魚，公館、南寮保育區開放時間分別是一到四月、九到十二月，開放期間民眾可以垂釣、捕撈，海上漁船也可以作業，不受限制。

台東縣政府漁業科表示，綠島從民國六十七年就劃定全島為保育區，但只侷限禁止採捕九孔及龍蝦，九十年則細劃五個保育區，禁止捕撈各式魚種，九十七年增設龜灣保育區。

漁業科指出，綠島因為有黑潮流經，魚獲種類豐富，各種珊瑚礁魚類及洄游性魚類都有，劃設保育區是為了能永續漁業資源。

高雄市方面，楠梓仙溪是台灣唯一以魚類為主的野生動物保護區，往年六至十月開放那瑪夏段供民眾垂釣，然而莫拉克風災將保護區摧毀，目前正進行自然復育，禁止垂釣，讓喜歡溪釣的民眾扼腕。

另外，流經高雄市大樹區統嶺社區的統坑溝溪，昔日也是民眾垂釣的好去處，社區居民為保護生態，要求自民國九十九年六月廿八日起禁漁五年，必須等到一○四年六月一日才可能再開放。

至於屏東縣，目前並無封溪，夏日才開放給民眾垂釣的溪流。